A posição filogenética de Mycobacterium tuberculosis em relação a outras bactérias é controversa. A sua parede celular tem características tanto de bactérias Gram-positivas como de bactérias Gram-negativas. Na referência padrão de filogenia bacteriana baseada na comparação de 16S ribosomal RNA, M. tuberculosis pertence às bactérias Gram-positivas G+C elevadas que formam um grupo monofilético com as bactérias G+C Gram-positivas baixas, tais como Bacillus subtilis. Algumas análises não indicam qualquer relação particular entre estes dois grupos. A disponibilidade da sequência completa do genoma do M. tuberculosis permite-nos reexaminar esta questão do ponto de vista genómico, uma vez que as filogenias baseadas no genoma podem ser mais representativas da história evolutiva de organismos inteiros do que as árvores moleculares. Na árvore do genoma construída com base no conteúdo genético conservado, o M. tuberculosis está mais relacionado com bactérias Gram-negativas do que com bactérias Gram-positivas, tal como reflectido pela distância evolutiva entre as unidades ancestrais mais próximas. Esta conclusão pode ser apoiada por outra análise mostrando que o M. tuberculosis partilha genes relativamente mais ortológicos para produção e conversão de energia com bactérias Gram-negativas, em particular, Escherichia coli e Pseudomonas aeruginosa, do que com bactérias Gram-positivas.

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