La posición filogenética de Mycobacterium tuberculosis en relación con otras bacterias es controvertida. Su pared celular tiene características tanto de las bacterias Gram-positivas como de las Gram-negativas. En la referencia estándar de la filogenia bacteriana basada en la comparación de la secuencia del ARN ribosómico 16S, M. tuberculosis pertenece a las bacterias Gram positivas de alto G+C que forman un grupo monofilético con las bacterias Gram positivas de bajo G+C como Bacillus subtilis. Algunos análisis indican que no existe ninguna relación particular entre estos dos grupos. La disponibilidad de la secuencia completa del genoma de M. tuberculosis nos permite reexaminar esta cuestión desde el punto de vista genómico, ya que las filogenias basadas en el genoma pueden ser más representativas de la historia evolutiva de organismos completos que los árboles moleculares. En el árbol genómico construido a partir del contenido génico conservado, M. tuberculosis está más relacionado con las bacterias Gram negativas que con las Gram positivas, como refleja la distancia evolutiva entre las unidades ancestrales más cercanas. Esta conclusión puede verse respaldada por otro análisis que muestra que M. tuberculosis comparte relativamente más genes ortólogos para la producción y conversión de energía con las bacterias Gram-negativas, en particular, Escherichia coli y Pseudomonas aeruginosa, que con las bacterias Gram-positivas.

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