La posizione filogenetica del Mycobacterium tuberculosis rispetto agli altri batteri è controversa. La sua parete cellulare ha caratteristiche sia dei batteri Gram-positivi che Gram-negativi. Nel riferimento standard della filogenesi batterica basata sul confronto della sequenza dell’RNA ribosomiale 16S, M. tuberculosis appartiene ai batteri Gram-positivi ad alto G+C che formano un gruppo monofiletico con i batteri Gram-positivi a basso G+C come il Bacillus subtilis. Alcune analisi non indicano alcuna relazione particolare tra questi due gruppi. La disponibilità della sequenza completa del genoma di M. tuberculosis ci permette di riesaminare questo problema da prospettive genomiche, poiché le filogenesi basate sul genoma possono essere più rappresentative della storia evolutiva di interi organismi rispetto agli alberi molecolari. Nell’albero del genoma costruito sulla base del contenuto di geni conservati, M. tuberculosis è più legato ai batteri Gram-negativi che a quelli Gram-positivi, come risulta dalla distanza evolutiva tra le unità ancestrali più vicine. Questa conclusione può essere supportata da un’altra analisi che mostra che M. tuberculosis condivide relativamente più geni ortologhi per la produzione e la conversione di energia con i batteri Gram-negativi, in particolare Escherichia coli e Pseudomonas aeruginosa, che con i batteri Gram-positivi.

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