La position phylogénétique de Mycobacterium tuberculosis par rapport aux autres bactéries est controversée. Sa paroi cellulaire présente des caractéristiques à la fois des bactéries à Gram positif et à Gram négatif. Dans la référence standard de la phylogénie bactérienne basée sur la comparaison des séquences d’ARN ribosomal 16S, M. tuberculosis appartient aux bactéries Gram-positives à haut G+C qui forment un groupe monophylétique avec les bactéries Gram-positives à faible G+C telles que Bacillus subtilis. Certaines analyses n’indiquent aucune relation particulière entre ces deux groupes. La disponibilité de la séquence complète du génome de M. tuberculosis nous permet de réexaminer cette question d’un point de vue génomique, car les phylogénies basées sur le génome peuvent être plus représentatives de l’histoire évolutive d’organismes entiers que les arbres moléculaires. Dans l’arbre génomique construit sur la base du contenu en gènes conservés, M. tuberculosis est plus apparenté aux bactéries Gram-négatives qu’aux bactéries Gram-positives, comme le reflète la distance évolutive entre les unités ancestrales les plus proches. Cette conclusion peut être soutenue par une autre analyse montrant que M. tuberculosis partage relativement plus de gènes orthologues pour la production et la conversion d’énergie avec les bactéries Gram-négatives, en particulier, Escherichia coli et Pseudomonas aeruginosa, qu’avec les bactéries Gram-positives.
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