Definición de los protistas
Desde la época de Aristóteles, cerca de finales del siglo IV a.C., hasta bien pasada la mitad del siglo XX, todo el mundo biótico se consideraba generalmente divisible en sólo dos grandes reinos, las plantas y los animales. La separación se basaba en la suposición de que las plantas son pigmentadas (básicamente verdes), no son móviles (por lo general, por estar enraizadas en el suelo), son fotosintéticas y, por lo tanto, capaces únicamente de alimentarse por sí mismas (autótrofas), y son únicas por poseer paredes celulósicas alrededor de sus células. Por el contrario, los animales carecen de pigmentos fotosintéticos (son incoloros), son activamente móviles, se nutren de forma fagotrófica (y, por lo tanto, necesitan capturar o absorber nutrientes importantes) y no tienen paredes alrededor de sus células.
Cuando la microscopía surgió como una ciencia por derecho propio, los botánicos y zoólogos descubrieron pruebas de la gran diversidad de la vida, en su mayoría invisibles al ojo humano. Con raras excepciones, las autoridades de la época clasificaron estas formas microscópicas como plantas diminutas (llamadas algas) y animales diminutos (llamados «primeros animales» o protozoos). Tales asignaciones taxonómicas permanecieron esencialmente incuestionables durante muchos años, a pesar del hecho de que la gran mayoría de esas diminutas formas de vida -por no mencionar algunas macroscópicas, varias formas parasitarias y todo el grupo conocido como los hongos- no poseían las características cardinales en las que se habían diferenciado las «plantas» y los «animales» y, por lo tanto, tenían que ser forzadas a encajar en esas categorías de reino.
En 1860, sin embargo, el naturalista británico John Hogg se opuso a la imposición de las categorías vegetal y animal a los protistas y propuso un cuarto reino, denominado Protoctista (los otros tres reinos abarcaban los animales, las plantas y los minerales). Seis años más tarde, el zoólogo alemán Ernst Haeckel (que había abandonado el reino mineral) propuso un tercer reino, el Protista, para englobar a los microorganismos. A finales de la década de 1930, el botánico estadounidense Herbert F. Copeland propuso un reino aparte para las bacterias (reino Monera), basándose en su singular ausencia de un núcleo claramente definido. Según la propuesta de Copeland, el reino Protista estaba formado por seres vivos nucleados que no eran ni plantas ni animales. En la década siguiente revivió el nombre Protoctista, utilizándolo en favor de Protista.
El siguiente cambio importante en la sistemática de las formas inferiores vino a través de un avance en el concepto de la composición del mundo biótico. Alrededor de 1960, resucitando y embelleciendo una idea concebida originalmente dos décadas antes por el biólogo marino francés Edouard Chatton pero universalmente ignorada, Roger Yate Stanier, Cornelius B. van Niel y sus colegas propusieron formalmente la división de todos los seres vivos en dos grandes grupos, los procariotas y los eucariotas. Esta organización se basaba en características -como la presencia o ausencia de un verdadero núcleo, la simplicidad o complejidad de las moléculas de ADN (ácido desoxirribonucleico) que constituyen los cromosomas y la presencia o ausencia de membranas intracelulares (y de orgánulos especializados aparte de los ribosomas) en el citoplasma- que revelaban una larga separación filogenética de los dos conjuntos. El concepto de «protistas» abarcaba originalmente todos los microorganismos del mundo biótico. El conjunto incluía, pues, a los protistas y a las bacterias, consideradas en aquella época como protistas inferiores. Sin embargo, la gran frontera evolutiva entre los procariotas y los eucariotas ha supuesto un importante límite taxonómico que restringe los protistas a los microorganismos eucariotas (pero que ocasionalmente incluye organismos relativamente macroscópicos) y las bacterias a los microorganismos procariotas.
Durante las décadas de 1970 y 1980, la atención se redirigió al problema de las posibles subdivisiones sistemáticas de alto nivel dentro de los eucariotas. Los biólogos estadounidenses Robert H. Whittaker y Lynn Margulis, así como otros, se involucraron en estas desafiantes cuestiones. Uno de los principales resultados fue el apoyo generalizado entre los botánicos y los zoólogos para considerar que los organismos vivos constituían cinco reinos separados, cuatro de los cuales se colocaron en lo que se concibió como la superreino Eukaryota (Protista, Plantae, Animalia y Fungi); el quinto reino, Monera, constituía la superreino Prokaryota.
A finales de la década de 1970, al darse cuenta de las distinciones entre ciertos procariotas, el microbiólogo estadounidense Carl R. Woese propuso un sistema por el que la vida se dividía en tres dominios: Eukarya para todos los eucariotas, Bacteria para las verdaderas bacterias, y Archaea para los procariotas primitivos que se distinguen de las verdaderas bacterias. El esquema de Woese era único porque se centraba en las características moleculares, especialmente en ciertas secuencias de ARN. Aunque imperfectos, los análisis de ARN han proporcionado una gran comprensión del parentesco evolutivo de los organismos, lo que a su vez ha llevado a una amplia reevaluación de la taxonomía de los protistas, de tal manera que muchos científicos ya no consideran que el reino Protista sea una agrupación válida.
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