Cela commence comme beaucoup d’autres tests chez le médecin : un rapide coup d’œil dans les narines avec ce qui ressemble à un coton-tige géant, qui est ensuite plongé dans un milieu conçu pour garder l’échantillon frais.
Mais c’est ce qui se passe ensuite qui rend le test moléculaire de la grippe Xpert Xpress différent. Un technicien place l’échantillon dans la machine, qui fait ensuite des copies de toute information génétique qu’il contient. Des détecteurs de fluorescence recherchent la présence de gènes spécifiques. En moins d’une demi-heure, le médecin sait avec une quasi-certitude quel virus de la grippe – s’il y en a un – est présent dans les voies respiratoires du patient.
Le développeur de l’Xpert Xpress, Cepheid basé à Sunnyvale, en Californie, pense que des tests moléculaires rapides comme celui-ci vont transformer le diagnostic de la grippe. Et d’autres sociétés pharmaceutiques comme Abbott, basée à Chicago, Illinois, et Roche de Bâle, Suisse, ont créé des outils de diagnostic similaires. Depuis le lancement de ces tests aux États-Unis il y a plusieurs années, les prestataires de soins médicaux ne tarissent pas d’éloges sur leur rapidité et leur précision, qui, selon eux, facilitent les décisions de traitement et réduisent la charge de la maladie. Mais quelques problèmes, notamment les coûts élevés et le risque de contamination des échantillons, font qu’il est difficile de prédire si ces tests deviendront l’outil de diagnostic standard.
RÉSULTATS INCOMPARENTS
La grippe coupe une bande saisonnière de destruction dans le monde entier, entraînant plus de 200 000 hospitalisations et 30 000 décès chaque année aux États-Unis seulement. Le virus est très contagieux mais traitable, il est donc important de l’identifier le plus rapidement et le plus précisément possible. Aujourd’hui, de nombreuses personnes qui se rendent dans une clinique avec des symptômes de grippe reçoivent un test de diagnostic rapide de la grippe (RIDT). Contrairement aux tests moléculaires, comme l’Xpert Xpress, les RIDT contiennent un anticorps qui se colle à une protéine antigène du virus de la grippe, changeant généralement de couleur pour indiquer un résultat positif.
Le principal avantage des RIDT est leur rapidité – ils produisent un résultat en moins de 30 minutes. Mais elles donnent parfois de mauvais résultats. « Il faut qu’il y ait beaucoup de grippe, et s’il n’y en a pas assez, vous obtiendrez un résultat négatif », explique Neil Anderson, qui étudie les maladies infectieuses à la faculté de médecine de l’université Washington à St Louis, dans le Missouri. Les enfants ont tendance à excréter beaucoup de particules virales, ajoute-t-il, mais certains adultes n’en produisent pas assez pour donner un résultat positif au test, même s’ils présentent des symptômes graves.
Les faux résultats négatifs constituent donc un gros problème. Dans une étude clinique1 portant sur 600 personnes, 77 % des personnes atteintes de la grippe ont initialement reçu un résultat négatif incorrect d’un TIDR. De nouveaux TIDR ont été développés pour résoudre ces problèmes de précision, mais plusieurs chercheurs affirment que même ceux-ci ne sont pas encore assez sensibles pour être fiables. Un autre type de test rapide de la grippe connu sous le nom de test d’immunofluorescence présente des problèmes de fiabilité similaires.
Les tests moléculaires rapides, cependant, utilisent une approche différente. Plutôt que de s’appuyer sur la découverte de quantités suffisantes d’antigènes, ils copient de longs tronçons de code génétique viral contenus dans l’échantillon. Les virus de la grippe étant constitués d’ARN, les tests plongent d’abord l’échantillon dans des nucléotides fabriqués en laboratoire, créant ainsi un brin d’ADN correspondant. De multiples cycles de chauffage et de refroidissement créent ensuite de nombreux autres brins d’ADN. Ce processus, appelé amplification, permet de détecter facilement de petites quantités de virus. Le test moléculaire rapide d’Abbott, appelé ID Now, amplifie l’ADN à une température constante.
Après amplification, des détecteurs de fluorescence testent si les séquences génétiques correspondent à celles des virus de la grippe connus. Dans le test de Cepheid, une grande partie de ce traitement des échantillons a lieu à l’intérieur d’un labyrinthe de canaux en plastique pas plus larges qu’une puce de poker. En 20 à 30 minutes, la machine révèle non seulement si une personne a la grippe, mais aussi quelle souche et quel sous-type du virus de la grippe est à l’origine de la maladie.
Un résultat définitif
Il existe un large consensus sur le fait que les tests moléculaires rapides pour la grippe sont beaucoup plus précis que les TIDR. Une méta-analyse de 20172 qui a opposé les TDRG aux tests moléculaires rapides a révélé que les deux étaient précis à plus de 98 % pour identifier les personnes qui n’avaient pas la grippe ; la grande différence concernait les personnes qui l’avaient. En utilisant les TIDR, plus de 45 % des personnes atteintes de la grippe ont reçu des faux négatifs, contre seulement 8 % en utilisant des tests moléculaires rapides.
Une plus grande précision améliore également la rapidité du diagnostic car elle élimine la nécessité d’effectuer d’autres tests de laboratoire, explique Esther Babady, microbiologiste au Memorial Sloan Kettering Cancer Center de New York. Un résultat négatif d’un TIDR est considéré comme un simple avis, dit-elle : « On envoie quand même l’échantillon au laboratoire clinique. » Les tests moléculaires changent ce protocole. « Avec les tests moléculaires, c’est fait », dit-elle. « Cela ne nécessite pas de tests supplémentaires. »
Un diagnostic rapide et précis permet aux médecins de prescrire un traitement plus rapidement, ce qui apporte des avantages notables aux patients. Dans une étude3 portant sur plus de 1 400 personnes atteintes de la grippe, celles qui ont pris des médicaments antiviraux dans les 12 heures suivant l’apparition de la fièvre ont eu trois jours de maladie de moins que celles qui ont commencé à les prendre après 48 heures. « Obtenir un traitement plus tôt va diminuer les symptômes », affirme Anderson.
Une étude de 20194 a comparé les résultats des femmes enceintes présentant des symptômes de la grippe à deux moments : avant l’introduction des tests moléculaires rapides de la grippe et après. Chez les femmes atteintes de la grippe, les taux d’hospitalisation étaient de 83 % avant l’introduction des tests, mais seulement de 38 % chez celles ayant reçu les tests moléculaires rapides, en grande partie parce que ces femmes ont reçu un traitement efficace plus tôt. Les femmes ayant reçu les nouveaux tests ont également reçu moins de la moitié des prescriptions d’antibiotiques que celles qui n’en ont pas reçu, car il n’y a aucun avantage à prescrire des antibiotiques pour des maladies virales comme la grippe une fois qu’elles sont diagnostiquées.
En plus de rationaliser le traitement, les tests moléculaires rapides pourraient également réduire le taux de transmission de la grippe, explique Ritu Banerjee, qui étudie les médicaments antimicrobiens à la Mayo Clinic de Rochester, dans le Minnesota. « Si les patients reçoivent rapidement un diagnostic de grippe à l’aide d’un test précis, ils passeront moins de temps dans les établissements de soins à attendre les résultats des tests », explique Ritu Banerjee, ce qui réduirait les possibilités de propagation du virus dans les salles d’attente bondées. Les personnes qui reçoivent un diagnostic rapide et définitif pourraient également être plus enclines à éviter d’aller au travail ou à l’école, ajoute-t-elle, ce qui réduirait encore plus les chances de transmission.
LENTE PRISE EN CHARGE
Malgré les avantages des tests moléculaires rapides, les hôpitaux et les systèmes de santé ont été lents à les acheter. En 2016, l’Organisation mondiale de la santé a constaté que seuls 15 % des hôpitaux utilisaient des tests moléculaires rapides pour diagnostiquer la grippe. L’un des principaux problèmes est le coût, explique Babady. Alors que les TIDR coûtent environ 15 dollars par test, les tests moléculaires rapides peuvent coûter jusqu’à 45 dollars – un fardeau financier que de nombreux prestataires de soins de santé, tant publics que privés, auraient du mal à supporter. Les tests moléculaires rapides nécessitent également un investissement initial important dans une plateforme de test, telle que GeneXpert Xpress de Cepheid ou ID Now d’Abbott. « À l’heure actuelle, tout le monde doit faire valoir ses arguments auprès de son système hospitalier en raison des coûts supplémentaires », explique Anderson.
Certains chercheurs affirment que le coût des tests moléculaires rapides serait amorti par la réduction des complications de la grippe et des traitements inutiles qui en découlent. Une équipe de l’université de Newcastle, au Royaume-Uni, a conclu5 que l’adoption de tests moléculaires rapides permettrait au National Health Service britannique d’économiser environ 240 000 £ (295 000 $) chaque année pour chaque tranche de 1 000 personnes présentant des symptômes grippaux, en grande partie parce que les patients qui sont diagnostiqués rapidement et correctement consomment moins de ressources hospitalières. Lorsque l’on tient compte de l’amélioration des résultats pour les patients et de la réduction de l’utilisation des ressources, « les économies de coûts arrivent presque à s’équilibrer », dit Anderson, et pourraient se traduire par un avantage financier au fil du temps.
Un autre problème qui a ralenti l’adoption des tests moléculaires rapides est le risque de contamination. Les tests moléculaires rapides sont conçus pour détecter et amplifier des bribes d’ARN viral, mais leur haute sensibilité signifie qu’ils peuvent afficher un résultat inexact si un technicien de laboratoire a la grippe, par exemple, ou si un échantillon est mal manipulé. « Le contrôle est quelque chose que nous faisons systématiquement dans le laboratoire clinique », dit Babady. « Dans une salle d’urgence très fréquentée, cela devient beaucoup plus compliqué. »
Babady n’est pas sûr que les tests moléculaires rapides deviennent un jour monnaie courante. Mais Anderson pense que les premiers adoptants institutionnels – comme son propre centre médical à l’Université de Washington – pourraient encourager d’autres prestataires de santé à essayer les tests, car ils accumulent de plus en plus de données illustrant la façon dont les résultats des tests affectent les résultats des patients et les résultats financiers des hôpitaux.
Et les systèmes de santé conventionnels ne sont pas les seuls clients potentiels. À mesure que les tests deviennent plus largement acceptés, dit Anderson, « vous allez les voir utilisés en dehors des milieux hospitaliers – dans les pharmacies, potentiellement même dans la chambre d’une infirmière dans un lycée. »
L’imprévisibilité de l’évolution du virus de la grippe pourrait finalement être ce qui pousse les diagnostics rapides affinés à être utilisés en routine. Si une souche virulente de la grippe dévaste les écoles et les lieux de travail dans quelques années, un test presque instantané qui offre des résultats précis pourrait être une perspective trop convaincante pour être ignorée.
- Koul, P. A. et al. Indian J. Med. Microbiol. 33 (suppl.), 26-31 (2016).
- Merckx, J. et al. Ann. Intern. Med. 167, 394-409 (2017).
- Aoki, F. Y. et al. J. Antimicrob. Chemother. 51, 123-129 (2003).
- Anselem, O. et al. PLoS ONE 14, e0217651 (2019).
- Allen, A. J. et al. Diagnost. Prognost. Res. 2, 15 (2018).
Elizabeth Svoboda est un écrivain scientifique à San Jose, en Californie.
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