A passagem da luz branca através de um prisma separa a luz em diferentes comprimentos de onda, aparecendo como um arco-íris de cores. A ordem das cores é determinada pelo comprimento de onda da luz. Para a luz visível, o vermelho tem o comprimento de onda mais longo e o violeta tem o comprimento de onda mais curto. No entanto, a luz visível é apenas uma pequena porção do espectro electromagnético. A energia é inversamente proporcional ao comprimento de onda que os comprimentos de onda mais longos têm menos energia do que os comprimentos de onda mais curtos. Por exemplo, a luz UV tem um comprimento de onda mais curto e mais energia do que a luz visível.

Um pigmento é qualquer substância que absorve a luz. A cor do pigmento provém dos comprimentos de onda da luz que são reflectidos, ou por outras palavras, dos comprimentos de onda não absorvidos. A clorofila, o pigmento verde comum a todas as células fotossintéticas, absorve todos os comprimentos de onda da luz visível, excepto o verde, que reflecte. É por esta razão que as plantas nos parecem verdes. Os pigmentos negros absorvem todos os comprimentos de onda da luz visível que os atinge. Os pigmentos brancos reflectem a maior parte dos comprimentos de onda que os atingem.

Cada pigmento tem um espectro de absorção característico que descreve como absorve ou reflecte diferentes comprimentos de onda de luz. Os comprimentos de onda absorvidos pela clorofila e outros pigmentos fotossintéticos geram electrões para alimentar a fotossíntese. Todos os organismos fotossintéticos têm clorofila a que absorve comprimentos de onda violeta-azul e vermelho alaranjado-avermelhado. A clorofila a reflecte comprimentos de onda verde e verde-amarelado.

Pigmentos fotossintéticos acessórios, incluindo a clorofila b e o beta-caroteno, absorvem a energia que a clorofila a não absorve. A clorofila só desencadeia uma reacção química quando está associada a proteínas incorporadas numa membrana, tais como nas membranas tialóides do cloroplasto ou infoldings de membrana encontrados em procariotas fotossintéticas.

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