Protiste

Définir les protistes

Depuis l’époque d’Aristote, vers la fin du IVe siècle avant notre ère, jusqu’à bien après le milieu du XXe siècle, l’ensemble du monde biotique était généralement considéré comme divisible en seulement deux grands règnes, les plantes et les animaux. Cette séparation reposait sur l’hypothèse que les plantes sont pigmentées (essentiellement vertes), non mobiles (le plus souvent parce qu’elles sont enracinées dans le sol), photosynthétiques et donc capables uniquement de se nourrir de manière autonome (autotrophes), et uniques en ce qu’elles possèdent des parois cellulosiques autour de leurs cellules. En revanche, les animaux sont dépourvus de pigments photosynthétiques (incolores), activement mobiles, nutritionnellement phagotrophes (et donc tenus de capturer ou d’absorber des nutriments importants), et sans parois autour de leurs cellules.

Lorsque la microscopie est apparue comme une science à part entière, les botanistes et les zoologistes ont découvert des preuves de la grande diversité de la vie le plus souvent invisible à l’œil nu. À de rares exceptions près, les autorités de l’époque ont classé ces formes microscopiques comme des plantes minuscules (appelées algues) et des animaux minuscules (appelés « premiers animaux » ou protozoaires). Ces attributions taxonomiques sont restées essentiellement incontestées pendant de nombreuses années, en dépit du fait que la grande majorité de ces formes de vie minuscules – sans parler de certaines formes macroscopiques, de diverses formes parasites et de l’ensemble du groupe connu sous le nom de champignons – ne possédaient pas les caractéristiques cardinales sur lesquelles les « plantes » et les « animaux » avaient été distingués et devaient donc être forcés de s’intégrer dans ces catégories de règne.

En 1860, cependant, le naturaliste britannique John Hogg s’offusqua de l’imposition des catégories végétales et animales aux protistes et proposa un quatrième règne, nommé Protoctista (les trois autres règnes englobaient les animaux, les végétaux et les minéraux). Six ans plus tard, le zoologiste allemand Ernst Haeckel (ayant abandonné le règne minéral) a proposé un troisième règne, les protistes, pour englober les micro-organismes. À la fin des années 1930, le botaniste américain Herbert F. Copeland a proposé un royaume distinct pour les bactéries (royaume Monera), en raison de leur absence unique de noyau clairement défini. Selon la proposition de Copeland, le règne des protistes était donc constitué de formes de vie nucléées qui n’étaient ni végétales ni animales. La décennie suivante, il relança le nom de Protoctista, l’utilisant en faveur de Protista.

Le changement majeur suivant dans la systématique des formes inférieures est venu d’une avancée dans le concept de la composition du monde biotique. Vers 1960, ressuscitant et embellissant une idée conçue à l’origine deux décennies plus tôt par le biologiste marin français Edouard Chatton mais universellement négligée, Roger Yate Stanier, Cornelius B. van Niel et leurs collègues ont officiellement proposé la division de tous les êtres vivants en deux grands groupes, les procaryotes et les eucaryotes. Cette organisation était basée sur des caractéristiques – telles que la présence ou l’absence d’un véritable noyau, la simplicité ou la complexité des molécules d’ADN (acide désoxyribonucléique) constituant les chromosomes, la présence ou l’absence de membranes intracellulaires (et d’organites spécialisés en dehors des ribosomes) dans le cytoplasme – qui révélaient une longue séparation phylogénétique des deux assemblages. Le concept de « protistes » englobait à l’origine tous les micro-organismes du monde biotique. L’ensemble de l’assemblage comprenait donc les protistes et les bactéries, ces dernières étant considérées à l’époque comme des protistes inférieurs. La grande frontière évolutive entre les procaryotes et les eucaryotes a cependant signifié une frontière taxonomique majeure restreignant les protistes aux micro-organismes eucaryotes (mais incluant parfois des organismes relativement macroscopiques) et les bactéries aux micro-organismes procaryotes.

Durant les années 1970 et 1980, l’attention a été redirigée vers le problème d’éventuelles subdivisions systématiques de haut niveau au sein des eucaryotes. Les biologistes américains Robert H. Whittaker et Lynn Margulis, ainsi que d’autres, se sont impliqués dans ces questions difficiles. L’un des principaux résultats fut un soutien généralisé parmi les botanistes et les zoologistes pour considérer les organismes vivants comme constituant cinq royaumes distincts, dont quatre furent placés dans ce qui fut conçu comme le superroyaume Eukaryota (Protista, Plantae, Animalia et Fungi) ; le cinquième royaume, Monera, constituait le superroyaume Prokaryota.

À la fin des années 1970, réalisant des distinctions entre certains procaryotes, le microbiologiste américain Carl R. Woese a proposé un système dans lequel la vie était divisée en trois domaines : Eukarya pour tous les eucaryotes, Bacteria pour les véritables bactéries, et Archaea pour les procaryotes primitifs distincts des véritables bactéries. Le schéma de Woese était unique car il se concentrait sur les caractéristiques moléculaires, en particulier certaines séquences d’ARN. Bien qu’imparfaites, les analyses d’ARN ont permis de mieux comprendre la parenté évolutive des organismes, ce qui a conduit à une réévaluation approfondie de la taxonomie des protistes, à tel point que de nombreux scientifiques ne considèrent plus le royaume des Protista comme un regroupement valide.